Ұйымдастыру-әдістемелік бөлімше Орталықтың қызметін ұйымдастыру, жоспарлау және әдістемелік қамтамасыз етуді жүзеге асырады.
Негізгі функциялары:
Қазақстан Республикасының ұлттық құрама командаларын медициналық қамтамасыз ету бойынша іс-шараларды жоспарлау және ұйымдастыру;
оқу-жаттығу жиындары мен спорттық жарыстарды медициналық сүйемелдеуді үйлестіру;
спорт ұйымдарымен және салалық құрылымдармен өзара іс-қимыл жасау;
есептілік, талдамалық және статистикалық материалдарды дайындау;
әдістемелік ұсынымдар мен нормативтік құжаттарды әзірлеу.